โรงเรียนเนินมะปรางศึกษาวิทยา  จังหวัดพิษณุโลก  สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา เขต 39               สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน  กระทรวงศึกษาธิการ 

            เมื่อปีพุทธศักราช  2520  รัฐบาลในสมัยนั้นมีนโยบายที่จะขยายการศึกษาระดับมัธยมศึกษาสู่ชนบท ซึ่งขณะนั้นนายประยูร  อินทรทัสน์  ปลัดอำเภอ ผู้เป็นหัวหน้าประจำกิ่งอำเภอเนินมะปราง จังหวัดพิษณุโลก  คิดจะจัดตั้งโรงเรียนมัธยมศึกษาประจำอำเภอขึ้น  โดยใช้พื้นที่บริเวณหมู่ที่  3 บ้านน้อยซุ้มขี้เหล็ก ตำบลบ้านมุง กิ่งอำเภอเนินมะปราง  จังหวัดพิษณุโลกและผู้ว่าราชการจังหวัดพิษณุโลก  นายชาญ  กาญจนาคพันธ์ ได้รับมอบหมายให้ กิ่งอำเภอเนินมะปราง  ดำเนินการขออนุมัติใช้ที่ดินป่าสงวนแห่งชาติลุ่มแม่น้ำวังทองฝั่งซ้าย จากกระทรวงเกษตร และสหกรณ์  จัดตั้งโรงเรียนมัธยมศึกษา  สังกัดกรมสามัญศึกษา กระทรวงศึกษาธิการ ได้รับการอนุมัติเมื่อวันที่ 19  พฤษภาคม พ.ศ. 2520  เนื้อที่  38  ไร่ 3  งาน 30  ตารางวา  จากนั้น กระทรวงศึกษาธิการได้ประกาศจัดตั้งโรงเรียนเนินมะปรางศึกษาวิทยา เมื่อวันที่  3  มิถุนายน พ.ศ. 2520

เริ่มแรกจัดตั้งมีพ่อค้า  ประชาชนและข้าราชการได้ร่วมมือสร้างอาคารเรียนชั่วคราว  จำนวน  6  ห้องเรียน  และในวันที่ 5 มิถุนายน 2520 นายอำพร  จันทรวิจิตร      รองนายกรัฐมนตรีในขณะนั้น ได้ทำพิธีเปิดอาคารเรียน  และเริ่มทำการเรียนการสอน

ในขณะนั้น  นายบุญชู  ทองมี  เป็นครูใหญ่  มีครูอาจารย์  4  คน  จำนวนนักเรียน  2  ห้องเรียน 

นักเรียนชาย  32  คน  นักเรียนหญิงหญิง  32  คน  รวม 64  คน 

ตั้งแต่ปีงบประมาณ  2521  เป็นต้นมาโรงเรียน  ได้รับการจัดสรรงบประมาณจากกรมสามัญศึกษา ก่อสร้างอาคารเรียน  โรงฝึกงาน  หอประชุม วัสดุครุภัณฑ์  และบุคลากรมาเป็นลำดับ

 ปีการศึกษา  2530  กรมสามัญศึกษาได้อนุมัติให้เปิดทำการสอนในระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย

ปีการศึกษา  2546  พระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการกระทรวงศึกษาธิการ พ.ศ.2546 มีผลบังคับใช้ ทำให้มีการหลอมรวมส่วนราชการที่เป็นกรม โรงเรียนสังกัดกรมสามัญศึกษาจึงเป็นส่วนหนึ่งของสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน